Лечебные грязи обладают бактерицидными и бактериостатическими (антимикробными) свойствами. Особая роль принадлежит содержащейся в пелоидах микрофлоре, от жизнедеятельности которой зависят биологические процессы, протекающие в них. В лечебной грязи находится огромное количество микроорганизмов — миллиарды в 1г пелоида. Они принимают участие в расщеплении органических веществ, которые тесно связаны с грязеобразованием и регенерацией отработанной лечебной грязи.
Окисляя органическое вещество, образовавшееся на дне водоема, с помощью кислорода, отнятого у сульфатов – солей серной кислоты, морской воды, микроорганизмы получают необходимую для жизни энергию.
Высокая микробиологическая активность пелоидов является их характерной особенностью, выделяющей пелоиды среди других аналогичных образований. Активная деятельность бактерий, грибков, других компонентов способствует разложению органических и животных остатков и обогащает лечебные грязи гуминовыми веществами, битумами, продуцирует сероводород, аммиак, углекислоту и другие газы; только постоянная активность микробов обеспечивает устойчивое содержание в грязях таких нестойких микрокомпонентов, как витамины, ферменты и гормоны. Благодаря находящимся в грязях микроорганизмам они способны самоочищаться после антропогенного загрязнения в месторождениях и регенерироваться после использования в грязелечебницах. В лечебных грязях выделяют органическую и минеральную основу, которая находится в твердом, жидком и газообразном состояниях.